El mediocampista colombiano llegó a Colo-Colo a mediados del 2008 y salió campeón con el Cacique en dos oportunidades.
Luego de un exitoso paso por el Cúcuta Deportivo de Colombia, Macnelly Torres fue presentado en Colo-Colo como el fichaje más caro del fútbol chileno en junio del 2008. El volante le costó al Cacique 2,2 millones de dólares y fue recibido por apróximadamente 200 hinchas en el Estadio Monumental el día de su llegada.
Torres estuvo en el Popular hasta fines del 2010. Entre medio marcó 16 goles con la camiseta alba y salió campeón del Clausura 2008 y 2009. El 2011, el colombiano fue enviado a préstamo al Atlético Nacional, donde estuvo hasta mitad de año. La otra mitad fue en San Luis de México. En 2012, Torres volvió al Atlético, quienes compraron su pase por 3 millones de dólares.
Al año siguiente, Macnelly se alejó de tierras americanas y viajó hasta Arabia Saudita para fichar por Al Shabab. El volante se mantuvo en dicho club hasta principios del 2015 y luego fue adquirido por el club que lo vio nacer: Junior de Barranquilla.
Luego de un paso no muy destacado por Junior, Torres fichó nuevamente por Atlético Nacional. Allí salió cuatro veces campeón del torneo nacional y en 2016 logró conquistar la Copa Libertadores, edición en la que además fue elegido como Mejor Jugador. En 2017, Atlético Nacional obtuvo la Recopa Sudamericana.
El volante colombiano confesó este año a CDF haber estado cerca de fichar nuevamente por Colo-Colo luego del éxito en Atlético, pero su destino fue otro. En 2019, Torres partió a Libertad, club con el cual salió campeón de la Copa Paraguay. Torres dejó Libertad a principios de este año y ahora es jugador de Alianza Petrolera de Colombia.
¿Algún día volver a Colo-Colo? “No sé si es posible, ya tengo 35 años, pero si se da, me gustaría; es un lindo club. Si se da, bienvenido. Si no, me quedaré con el lindo recuerdo”, dijo Torres a CDF en marzo.